Einmal pro Jahr schreibt das IZEA die „Stipendien für Aufklärungsforschung“ aus. Sie sollen es sowohl erfahrenen als auch Nachwuchs-WissenschaftlerInnen ermöglichen, während eines Zeitraums von zwei bis drei Monaten Themen aus der ganzen Breite der Aufklärungsforschung unter optimalen Bedingungen zu bearbeiten, z.B. durch die Nutzung der umfangreichen Quellen- und Literaturbestände der hauseigenen Bibliothek sowie im Kontakt und Austausch mit den hier forschenden Experten. Der großzügige Stifter des Stipendienprogramms ist die Hamburger Stiftung zur Förderung von Wissenschaft und Kultur. Die Bewerbungsfrist endet am 31. März 2018.